《促进个体工商户发展条例》用7条的篇幅规定了保护个体工商户合法权益的各项内容，较原《个体工商户条例》有了明显的进步。
一、禁止乱收费、乱摊派(第三十条)。这方面规定在原《个体工商户条例》中已有体现，新条例做了扩充，涵盖了违反规定对个体工商户进行收费、摊派的各种形式，主体也由“任何部门和单位”扩展到“任何单位和个人”。针对个别领域出现的要求劳动者登记为个体工商户，以逃避雇主责任的现象，《条例》专门规定，任何单位和个人不得诱导、强迫劳动者登记注册为个体工商户，有效保障劳动者合法权益。
二、禁止拖欠账款(第三十一条)。大企业利用优势地位拖欠中小企业账款，是近年来政府重点治理的问题。为此，2020年国务院专门制定出台了《保障中小企业款项支付条例》。对个体工商户而言，拖欠账款的情况也时有发生，并且个体工商户相比中小企业更为弱势，应当从法律层面加强保护。《条例》明确规定，机关、企业事业单位不得对个体工商户强加不合理交易条件，不得违约拖欠或者变相拖欠个体工商户账款。通过这一规定，将禁止拖欠个体工商户账款作为法律义务明确下来。
三、禁止设置指标(第三十二条)。个体工商户是个人经营意愿的体现，个体工商户数量增长应当是营商环境不断优化的结果，政府部门不应“拔苗助长”，不切实际地设置个体工商户数量增长目标，甚至作为绩效考核指标。同样，年度报告是个体工商户依法公示经营信息、提升信用水平的有效途径，应当反映个体工商户生存的真实情况。《条例》针对个别地方出现的片面追求个体工商户“数字”的情况，专门强调县级以上地方人民政府应当提升个体工商户发展质量，不得将个体工商户数量增长率、年度报告率等作为绩效考核评价指标。
四、投诉举报(第三十三条)。本条规定了个体工商户对侵害自身合法权益的行为，有投诉、举报的权利。县级以上地方人民政府及其有关部门应当畅通投诉、举报途径，并依法及时处理。投诉举报途径的畅通对保护个体工商户合法权益至关重要。
五、守法诚信经营(第三十四条)。守法诚信经营是个体工商户的义务，也是其稳定经营、长期发展的基本保障。《条例》对个体工商户依法经营、诚实守信，自觉履行相关法定义务作出了明确规定。同时对食品药品、特种设备等涉及公共安全和人民群众生命健康等重点领域，强调了加强监督管理、维护良好市场秩序。这充分体现了《条例》放管结合、服务发展与依法监管相统一的立法理念。
六、处罚原则(第三十五条)。教育和惩戒相结合、过罚相当是《行政处罚法》的明确规定，也是行政执法的基本原则。对小本经营的个体工商户而言，坚持这一原则更为重要。《条例》明确，个体工商户开展经营活动违反有关法律规定的，有关行政部门应当按照教育和惩戒相结合、过罚相当的原则，依法予以处理。
七、行政追责(第三十六条)。本条是对政府及其有关部门工作人员不作为、乱作为，损害个体工商户合法权益的禁止性规定，也是保护个体工商户合法权益的重要方面。
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